有两个结局。
1：接受了水晶的劝诱，0组全员成为了拯救朱雀的露希，但面对无穷无尽的敌人，最终还是逃拖不了被全灭的命运，水晶粉碎，世界再次归于螺旋之中，等待下一次轮回。
2：0组的成员，拒绝成为露希，最后拯救了世界，但是最终还是全灭了。马琪那和雷姆从水晶中复生，那是一个没有忘却的崭新的世界，马琪那用他的知识担当起了复兴的工作，最后在妻子的怀中死去，享年67岁。
望采纳！
首先，零式有神话背景，它的背景是：创世神希望前往“不可视世界”，所以创造了两个神来帮他做事。帕鲁斯派通过“培养特别的灵魂”来开门，林泽派想用“大地的血祭”来开门。于是，属于帕鲁斯派的MOTHER创造了水晶孕育文明，然后在文明中投入特别的灵魂做实验，当世界失去平衡时或实验失败时，属于林泽派的人（这次是控制了CID）就会出来血 ，然后世界就会重置，这就是“轮回”。露露萨斯就是血洗的工具。
所以，故事最后是整个世界都迎来了毁灭。6亿次轮回指的是世界重置了6亿次，在游戏里可以看到，Cater常常有即视感发生，那是因为，这些事情在之前的轮回中就经历过。而MOTHER创造的特别的灵魂一共有16个，其中tiz和joker被实验抛弃了，代替他们位置的就是machina和rem。所以，在化为水晶之后，MOTHER依然有资格轻松的复活他们。二周目解锁的剧情可以看到，tiz和joker把零组最后的心愿告诉了MOTHER，MOTHER来到水晶旁，读取了零组最后奋战的经过，最后终于决定，终止轮回，同时改变了世界的规则，让人们能够记得死者。（原本死者的记忆会被删除），最后复活了小两口，让他们继承零组的意志活下去。
这个游戏没有HE，当继承了夏服进行游戏，二周目通关后（有说法是二周目必须都选第二项的新作战），会解锁一个录像“如果……”，里面就是一个完美的剧情。
参考资料是巴士上的剧情背景介绍，纯剧透，有兴趣可以看一看。
0班去打万魔殿，留下发 的REM，MACHINA这时候已经脱队去白虎当路西了。
在0班被大BOSS虐得要死要活的时候，REM被水晶选中成为路西，和白虎路西MACHINA（已经没有其本人的意志）打起来，最后俩人都领了便当变成水晶。
之后，0班那边终于见到了金闪闪大BOSS，却因为消耗太大全灭。全灭后，水晶MACHINA和REM，用魂晶支援0班再起。（这里的设定太 ……一个一个上去抓圈，抓到一个可以吸一个魂晶，但是吸完之后角色必死==……）
最后，0班12人的魂晶受到巨大伤害，直面死亡的恐惧，手牵着手死成一堆。
然后MATHER出现了，真之章里面能知道其实真·BOSS是MATHER……0班全员都是她的实验品，这种实验已经做了6亿多次==……
MATHER问MACHINA和REM水晶0班的事情，最后似乎心情不错的样子把俩人复活了==，还把忘记死者的设定取消了。
MR俩人吐便当之后马上去找0班，在0班教室看到了12人便当野营堆……
再后来，神的意志从世界消失，人的力量崛起。
MACHINA等人领导着人类创造新世界…………
MACHINA享年67岁，REM比他活得久。
没了……
