随着一周目的结束，主角也就会到了自己家，但这正意味着新的旅途的开始。
下楼后，会出现2个妈妈。她们会说起你碰到了2只传说中PM的事情。下面一个妈妈脱掉伪装露出了自己的真面目，原来他是神奥的 刑警Handsome(汉森)。他会赞扬主角和馆主的活跃，使等离子团的城堡毁灭了，部下散的散逃的逃。
但是七贤者依然潜伏在伊修大陆的各个地方，所以冠军推荐你参与汉森的调查。
同意协助他调查，得到超级钓竿。Handsome介绍钓竿用法后离开。
随即你就要去寻找六位贤者。出门后遇到两位劲敌。于是乎图鉴升级升级图鉴之后，基本只剩下支线剧情。来到第四个道馆的城镇，有很多设施的那个(精灵中心上面的左边一座民宅一楼左边的人可以拿秘传04怪力)，往右走过一段路到一座桥上，会遇到三个瞬移男，他们会给你金刚石，白玉，白金玉之后瞬移离开。
继续走会遇到一个研究所，该研究所是与前作联动的捕获地点，之后，研究院看见你身上有所有的勋章，然后惊讶了一番，便请你使用机器(DP，PT，HGSS)的PM传送过来，但是PM身上不能携带道具。
往右走过一座城市直接往右上出去，然后往上，在去新城市的门口找左边度假的少女谈话拿到秘传机器06潜水!在深的地方可以潜水，但只能去海底遗迹。海底遗迹在该城市右边海域，在上面的房子里可以遇到前作的冠军希罗娜，选是展开对战!
博士的研究所——每周的周六与周日可以与【贝尔】进行对战。
【LV63ムーランド、LV63ヤナッキー/バオッキー/ヒヤッキー、LV63ムシャーナ、LV65ジャローダ/エンブオー/ダイケンキ、LV63シャンデラ、LV63コジョンド】——好多经验！
去5号路，和【切莲】对话，之后去【冠军之路】，可以在出口附近遇到他，对话后格天王出现，剧情后与切莲进行战斗（此后：每天可以与切莲战斗一次）。
【LV65レパルダス、LV65ケンホロウ、LV65ギガイアス、LV65オノノクス、LV65ヤナッキー/バオッキー/ヒヤッキー（与你的初始PM属性相同的那个）、LV67ジャローダ/エンブオー/ダイケンキ（克制你的初始PM的那个，携带气息腰带）】——好多经验！
【听潮镇】——【新奥冠军：希罗娜】每天可以与她战斗一次（仅限春季）：
【LV75花岩怪、LV75シビルドン、LV75ウォーグル、LV75路卡利欧、LV77烈咬陆鲨、LV75美纳斯】——超多经验！
口袋妖怪黑白二周目人物如下：
首先会遇到 刑警和切莲与贝尔，分别获得超级钓竿和全国图鉴
每周的周六与周日可以与贝尔进行对战
从一号路左侧水路到达18号路可获得一枚蛋
沙滩上草堆左下角可以拿到HM05攀瀑
左下方有一名贤者，对话后被警察带走
前往遗迹遇到一名贤者
向左走穿过草地后下楼梯，在尽头处可以发现ムシャーナ（仅限周五），LV50，特性为超感知觉（テレパシー，不会被队友的全体技能击中）
古代之城入口处触发剧情可与雕像对战
进入后会遇到等离子团的人，触发对战
可遇到70LE的ウルガモス，可捕捉
集装箱深处遇到贤者，电气洞穴会遇到等离子团的人
五号路会触发切莲剧情【冠军路再遇对战
顶层会遇到冠军
在サザナミ湾海面深色处下潜颗到达海底宫殿【可获得王冠
14号撸瀑布攀岩颗遇到贤者
黑市中可以购买物品
可再次攻打联盟
